Le plug-in JW Staff Polyphony ne solutionnera pas la question, effectivement, en tout cas en une opération (voir PS).
Si les rythmes ne sont pas identiques, cela ne fonctionnera pas, comme cela a été expliqué par Haldom et Ouhla.
Dans votre tout premier exemple, par contre, c'est possible, car les silences ont la même durée que les notes.
Voici donc une autre idée (à essayer sur une copie du fichier !). En plusieurs étapes, mais c'est en définitive assez rapide
1) créez une nouvelle portée temporaire sous la vôtre. Copiez-y le contenu de la première portée.
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2) dans la 1ère portée, ne conservez que les notes de la 1ère couche. Pour cela, mettez vous en couche 2, puis "Afficher la couche active /
Show Active Layer Only", sélectionnez le tout, détruisez le contenu.
3) dans la 2ème portée, ne conservez que les notes de la 2ème couche. Pour cela, mettez vous en couche 1, puis toujours avec "Afficher la couche active /
Show Active Layer Only", sélectionnez le tout, détruisez le contenu.
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4) dans la 2ème portée (qui n'a des notes qu'en couche 2), déplacez (Edition -> Déplacer/Copier des couches /
Edit > Move/Copy Layers) les notes vers la couche 1. Les contenus des 2 portées sont maintenant en couche 1.
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5) Réaffichez toutes les couches
6) Sélectionnez les 2 portées. Utilisez Utilitaires -> Réduction d'orchestre /
Utilities -> Implode Music vers la portée du haut.
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7) Détruisez la portée temporaire.
PS : les diverses étapes sont également réalisables dans le Plug-in JW Staff Polyphony :
Layers -> Remove
Layers -> Move
Staves -> Merge
Par contre, si l'on s'attaque à votre deuxième exemple, cela ne marche plus, car les deux couches ont des valeurs de notes différentes, et le plug-in recrée une deuxième couche pour y placer les croches, ce qui est logique dans ce genre d'écriture à plusieurs étages rythmiques.